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  • Guide des contaminations en culture de champignons



    Sources:

    - http://champiwiki.associationspore.com/index.php?title=Concurrence
    - The Mushroom Cultivator : A practical guide to growing mushrooms at home

    Le monde vivant a toujours été basé sur le principe de la concurrence. La conquête du milieu est indispensable pour assurer aux générations futures de quoi croitre et se reproduire. Par conséquent, les êtres vivants évoluant dans le même milieu ou consommant les mêmes ressources se retrouvent en concurrence pour le même milieu. Dans la nature, ces concurrences ont tendance à s'équilibrer pour diverses raisons, et cet équilibre précaire constitue un écosystème.

    Dans nos cultures de champignons, nous modifions complètement le milieu artificiel que nous créons en le stérilisant afin de favoriser la conquête du milieu par les champignons voulus, qui ne sont pas forcément les plus concurrentiels.

    Mais il arrive que des concurrents s'invitent dans ce milieu idéal et s'y développent bien mieux que les champignons. On appelle ces concurrents des contaminants, ou "contas". Ils sont de divers types :
    1. Les bactéries
    2. Les moisissures
    3. Les levures

    Les différents contaminants

    On parle de contamination d'une culture quand un organisme (bactéries principalement, mais aussi levures, virus et tout ce que la nature peut imaginer) se développe sur le substrat destiné à la culture d'un champignon particulier. Cette contamination peut intervenir à toutes les phases de la culture (agar, culture liquide, substrat de fructification). En plus de nuire au développement du champignon choisi, celles-ci peuvent également être pathogènes pour le cultivateur en premier lieu, ainsi que pour le consommateur. Il convient donc de pouvoir les identifier au mieux, afin d'appliquer rigoureusement un principe de précaution essentiel quant à la culture de champignons. L'identification permettra au cultivateur, dans un second temps, de se prémunir de ce genre de désagrément par la détermination des défauts dans sa méthodologie, ayant entrainé la contamination. La liste, ainsi que les informations des différentes fiches, sont issues de ["The Mushroom Cultivator : A practical guide to growing mushrooms at home"] de Paul Stamets et J.S Chilton.


    Penicillium (bleu) et Cladosporium (vert foncé).


    Aspergillus



    Actinomyces

    | nom commun = Croc de feu | classe = Actinomyces | ordre = Actinomycetales | famille = Actinomycetaceae | couleur = grisâtre à blanchâtre | toxicité = oui | habitat = paille, fumiers

    Description

    Aspect macroscopique : Colonies tachetées, grisâtres à blanchâtres, facilement détectables sur de la paille compostée (de couleur sombre).

    Caractéristiques microscopiques : Composé d'un réseau d'hyphes fins, créant rarement des embranchements. Spores en forme de tiges se créant quand les filaments percent à la jonction des parois cellulaires. Les hyphes et spores sont minuscules, mesurant seulement 1 micron de diamètre. A l'intérieur de chaque cellule aucun noyau bien défini n'est visible. N'ayant pas d’appendices producteurs de spores différenciés, les Actinomyces sont "grampositive".

    Habitat

    De nombreuses espèces sont thermophiles, se développant entre 46°C et 57°C. Se rencontre fréquemment sur la paille en décomposition, ainsi que sur les fumiers de cheval et de vache. Les Actinomyces sont des constituants importants du sol. Ils se développent dans les composts pour culture de champignons bien préparés, en condition aérobie.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : En premier lieu par l'air; ensuite via la paille utilisée dans la préparation du compost.

    Mesures de contrôle : En général, pas de contrôle nécessaire durant la phase de préparation du compost. Toutefois, Actinomycete peut entraîner une combustion spontanée sur de la paille humide et compactée. Couvrir les ballots de paille pour éviter une absorption excessive d'humidité et les désagréments cités ci-dessus.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Quelques espèces sont pathogènes. Parmi les ouvriers agricoles, les hommes sont trois fois plus sensibles que les femmes à cette bactérie (Cruickshank, 1973). Deux espèces engendrent des maladies sérieuses (actinomycose) de la peau et des cavités orales, Actinomyces Bovis et Actinomyces Israelii. En général, ces espèces se comportent en organismes infectieux secondaires. La pénicilline est souvent utilisée en traitement. L'actinomycine, un puissant antibiotique interférant avec la synthèse de l'ARN, est dérivé de ce groupe de bactéries. Même si le risque est faible pour les cultivateurs de champignons de contracter une actinomycose, l'exposition a de grandes quantités de spores peut causer des réactions allergiques. L'utilisation d'un masque filtrant est conseillée lors de la manipulation de grandes quantités de paille compostée.

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    Wikipedia



    Bacillus

    | nom commun = tâche humide, pourriture aigre | classe = Schizomycetes | ordre = Eubacteriales | famille = Bacillaceae | couleur = gris terne à brun muqueux | toxicité = oui | habitat = tout substrat organique humide

    Description

    Aspect macroscopique :
    De gris terne à brun muqueux, caractérisé par une odeur forte et infecte décrite comme allant des pommes pourries, chaussettes sales ou bacon brûlé. Bacillus donne une apparence très humide au grain non colonisé, d'où son nom de tâche humide. Ce contaminant est caractérisé par des stries blêmes à blanchâtres au bord des grains.

    Caractéristiques microscopiques : En forme de tige ou de cylindre, mesurant 0,2 à 1,2 microns de diamètre et 1 à 5 microns de longueur. Quand les amas humides sont observés au microscope, Bacilli se tortille d'avant en arrière. Ces espèces se déplacent par l'action vibratoire de flagelles qui entourent chaque cellule. Ces flagelles sont difficiles à observer au microscope sans l'utilisation de techniques de coloration particulières. Bacilli est encapsulé par une fine mais ferme substance visqueuse et un conglomérat de cellule qui donne au grain son apparence visqueuse. Bacilli se reproduit principalement par division cellulaire. En condition extrême, particulièrement la chaleur, un unique spore durci se forme à partir de chaque cellule. Ces endospores montrent une extraordinaire résistance à la chaleur, contiennent très peu d'eau et sont insensibles à la sécheresse.
    Les espèces de ce genre sont "grampositive".

    Habitat

    Se développe sur une large palette de substrat : n'importe quel substrat organique, humide et entouré d'oxygène. Très commun dans les sols.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : En premier lieu par l'air; ensuite via l'eau, le grain, les terreaux, composts, insectes, outils et travailleurs.

    Mesures de contrôle : Filtrage de l'air par filtre à haute efficience (HEPA), stérilisation minutieuse du grain, condition de stockage et utilisation de grain relativement "propre". L'addition d'antibiotiques à l'agar (sulfate de gentamycine, pénicilline, streptomycine, auréomycine, etc) diminue ou prévient le développement de ces contaminants. Les endospores sont neutralisés par l'exposition à une forte chaleur humide, par exemple dans une cocotte-minute à 121°C pendant une heure. Une température de 60°C suffit à tuer la forme végétative mais pas les endospores.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    La plus remarquable espèce du genre est Bacillus Anthracis, la cause de l'anthrax. Les cultivateurs de champignons ont toutefois peu de risques d'être exposés à cette espèce. La plupart des bactéries formant des endospores ne sont pas virulentes. Clostridium est un genre similaire au Bacillus, excepté qu'il est anaérobie. Ce genre est connu pour une espèce en particulier : C. Botulinum, la cause du botulisme.

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    Pseudomonas

    | nom commun = tâche bactérienne, puit bactérien | classe = Schizomycetes | ordre = Pseudomonales | famille = Pseudmonaceae | couleur = jaunâtre à brun, en passant par le gris | toxicité = oui | habitat = sols, eau

    Description

    Aspect macroscopique : Points jaunâtres, lésions circulaires ou irrégulières. Se reproduisant rapidement sur les champignons humides, devenant brun-chocolat et visqueux avec l'âge. Cette bactérie a un aspect visqueux allant du gris terne au marron. Elle a une odeur moyennement à fortement déplaisante.

    Caractéristiques microscopiques : Les formes cylindriques (Bacilli) et sphérique (Cocci) caractérisent ce genre. les cellules sont très variées dans leur forme, mesurant 0,4-0,5 x 1,0-1,7 microns. Typiquement, les cellules de cette bactérie ont un, ou plus, flagelle à un de ses pôles ou aux deux (Bacillus a des flagelles sur l'ensemble de sa périphérie). Les flagelles servent à son déplacement. Les espèces de ce genre sont généralement "gramnégative".

    Habitat

    Omniprésent dans tous les types de sols et abondant dans les milieux aqueux. Pseudomonas Tolaasii parasite fréquemment les champignons qui restent humides pendant une période prolongée.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : En premier lieu par l'eau; ensuite via le grain, les terreaux, composts, mouches, mites, nématodes, outils et travailleurs.

    Mesures de contrôle : Utilisation d'eau moyennement chlorée (150-250 ppm) ou d'eau stérile. Cette contamination peut être facilement prévenue en :
    - Isolant et en se débarrassant proprement des champignons infectés.
    - Evitant les taux excessif d'humidité pendant la fructification (supérieurs à 92%) et en s'assurant d'une bonne circulation de l'air.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Certaines espèces sont pathogènes pour les humains. Particulièrement Pseudomonas aeruginosa (a.k.a Ps. Pyocyanea), causant cécité et autres maladies. Pseudomonas Putida est un stimulant de formation des primordias pour certaines souches d'Agaricus Brunnescens (Bissporus).

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    Streptomyces


    | nom commun = croc de feu | classe = Actinomyces | ordre = Actinomycetales | famille = Streptomycetaceae | couleur = grisâtre à blanchâtre | toxicité = non | habitat = paille, fumiers, terreaux

    Description

    Aspect macroscopique : Colonies grisâtres à blanchâtres, facilement repérable sur paille compostée. Sur grain, Streptomyces développe un mycélium fin et poudreux de couleur blanchâtre.

    Caractéristiques microscopiques : Composé d'un réseau d'hyphes fin, extensif, formant souvent des branches entortillées. Les hyphes des streptomyces ne se fragmentent pas en spores comme ceux des actinomyces mais forment une structure d'hyphes aériens en forme de chaîne, appelés sporophores, dont les cellules évoluent aux terminaisons. Les filaments d'hyphes et les spores mesurent seulement 1 micron de diamètre. A l'intérieur de chaque cellule, aucun noyau n'est clairement défini. Streptomyces n'a pas de sporophore différencié. Les spores sont lisses ou épineux.

    Habitat

    Omniprésent sur paille, fumiers et terreaux. Streptomyces est un organisme prédominant dans les tas de compost, se développant entre 46°C et 57°C et préférant les zones aérobies.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : En premier lieu par l'air; ensuite les matériaux entrant dans le compostage. Streptomyces est naturellement présent dans tous les sols.

    Mesures de contrôle : Généralement aucun contrôle n'est nécessaire ou désiré durant le compostage. Les mesures d’hygiènes classiques l’empêchent de devenir un contaminant problématique pour nos cultures.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Streptomyces représente 80% des actinomycetes présent dans les composts destinés à la culture de champignons. Streptomyces griseus produit la Streptomycine (antibiotique), découverte par Waksman en 1944. La gentamycine, résistante à l'autoclave, est dérivé d'un genre proche du Streptomyces, le Micromonospora.

    Galerie

    http://www.insectimages.org/browse/detail.cfm?imgnum=5259063



    Alternaria


    | nom commun = moisissure noire, moisissure gris-noir, point noir | classe = Fungi imperfecti | ordre = Moniliales | famille = Dematiaceae | couleur = gris-noir à noir | toxicité = oui | habitat = agar, grain

    Description

    Aspect macroscopique : Mycélium gris-noir profond à noir, à développement rapide. Alternaria apparaît d'abord en points noirs éparpillés dans les pots de blanc, se répandant et envahissant rapidement le mycélium. Sur agar, il ressemble à une moisissure noire type Penicillium.

    Caractéristiques microscopiques : Des hyphes émergent du mycélium se séparant ensuite en conidies, sortant au travers des pores du sommet des hyphes orientés verticalement. Les conidies (spores) sont en général multicellulaires, parfois à deux cellules, de grande taille (20-100 microns x 6-30 microns)

    Habitat

    Très commun dans la nature, occasionnel à fréquent dans la production de blanc, présent dans un grand nombre de poussières ménagères. Alternaria est rare sur seigle. Selon Bitner (1972), ce contaminant est plus fréquent sur sorgho que sur d'autres grains (non-confirmé). Alternaria est un des principaux saprophytes fongiques sur grain, graines, pailles, feuilles, fruits pourris et beurre non salé. Occasionnel à courant sur agar enrichi. Dans les zones tempérées, il est plus présent à la fin de l'été et pendant l'automne qu'aux autres périodes.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : Air.

    Mesures de contrôle : Bonne hygiène, entretien d'un faible taux de poussières, filtration de l'air par filtre HEPA.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Les espèces de ce genre causent allergies et affections respiratoires chez les humains, particulièrement le rhume des foins.

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    http://scarab.msu.montana.edu/Disease/DiseaseGuidehtml/webFunghead.htm


    Aspergillus


    | nom commun = moisissure verte, moisissure jaune, moisissure noire | classe = Fungi imperfecti | ordre = Moniliales | famille = Eurotiaceae | couleur = jaune, vert, noir | toxicité = oui | habitat = agar, grain, composts, substrat organiques

    Description

    Aspect macroscopique : Ces espèces vont du jaune au noir, en passant par le vert. La plupart du temps, les espèces d'Aspergillus sont verdâtres et similaires à Penicillium. Aspergillus Niger, comme son nom l'indique, est noir; Aspergillus Flavus est jaune; Aspergillus Clavatus est bleu-vert; Aspergillus fumigatus est vert grisâtre, Aspergillus candidus est couleur crème; et Aspergillus Versicolor montre une variété de couleurs (verdâtre-rosâtre-jaunâtre). Ces moisissures, comme beaucoup d'autres, changent de couleur et d'apparence selon le support sur lequel elles se développent. Plusieurs espèces sont thermophiles.

    Caractéristiques microscopiques : Grande structure de sporulation, sans embranchement, en forme de tige, supportant à son sommet une tête sphérique où des chaînes de spores unicellulaires (conidies), mesurant 3 à 5 microns, sont attachées.

    Habitat

    Très commun sur agar et grain, ainsi que dans la production de compost. Trouvé sur la plupart des substrats organiques, Aspergillus préfère un Ph neutre à légèrement acide. Les armoires et plateaux en bois utilisés pour entreposer le compost sont des habitats fréquents dans les chambres de culture.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : Air.

    Mesures de contrôle : Bonne hygiène, se débarrasser des substrats de support, en particulier restes de nourriture et compost utilisé, filtration HEPA.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Quelques espèces sont toxiques. Aspergillus Flavus (jaune à vert jaunâtre) produit des aflatoxines mortelles. A.flavus attaque les farines de graine de coton, cacahuètes et autres graines à haute teneur en huile qui ont été entreposées dans des environnements chauds et humides. Parmi toutes les toxines produites biologiquement, les aflatoxines sont les plus puissants "hepatacracinogènes" connues à ce jour. La toxicité de ces espèces était inconnue avant 1960, quand 100000 dindes sont mystérieusement mortes de cette infection en Grande Bretagne. Étant donné qu'A.Flavus se développe sur pratiquement tout type de grain, cette espèce est un souci majeur pour les producteurs de blanc. Les aflatoxines ne se transmettent pas, cependant, aux carpophores en cas de contamination de substrat.
    Aspergillus Fumigatus et Aspergillus Niger, deux mésophiles thermo-tolérants, sont également pathogènes pour l'homme en concentrations importantes. Cette affection est appelée aspergillose. Le compost utilisé est la plus fréquente source d'A.fumigatus. A.niger, la moisissure noire commune, est cultivée commercialement pour sa capacité à synthétiser l'acide citrique et l'acide gluconique à partir d'une simple solution de sucrose. Auparavant, l'acide citrique était extrait du jus de citron, il est aujourd'hui produit à partir de ce fungus.

    Commentaire

    Ces moisissures sont dangereuses, si vos cultures sont infectées, faites le maximum pour limiter le contact avec ces contaminants.

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    Botrytis


    | nom commun = Moisissure marron | classe = Fungi imperfecti | ordre = Moniliales | famille = Moniliaceae | couleur = marron | toxicité = non | habitat = bois

    Description

    Aspect macroscopique : Tout d'abord blanc, particulièrement aux marges, puis rapidement gris, poussant de manière aérienne, ensuite marron doré terne à marron cannelle quand les spores murissent, se répandant du casing aux menuiseries et inversement. Les spores sont facilement aéroportées par les plus légers mouvements d'air.

    Caractéristiques microscopiques : Longs conidiophores, mesurant 10-20 x 5-15 microns, simples mais à embranchements irréguliers au niveau de l'apex, mais pas élargi et différent de Verticillium. Les spores (conidies) sont unicellulaires; ovales à oblongs, clair à gris, certains étant plus vivement colorés.

    Habitat

    Commun, fréquemment vu sur casing où il préfère une mixture riche en débris ligneux, se développant dans un environnement à forte humidité et température moyenne. Botritys apparaît souvent sur la menuiserie où l'humidité est condensée. Plus rare sur compost.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : Air; sols; bois humide.

    Mesures de contrôle : Utilisation de terreaux "propres" pour les casings; retrait et isolation des plateaux infectés puis nettoyage vapeur; pressurisation positive dans la chambre de culture; application de procédures d'hygiène strictes.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Apparemment inoffensif, sans espèces toxiques connues. Botritys cinerea est une espèce de grande valeur pour son action sur les grains de raisins mûrs. Cette espèce baisse l'acidité des grappes, tout en augmentant le taux de sucre. Cela donne meilleur goût et odeur aux fruits, rendant les récoltes infectées parfaites pour produire des sauternes. Depuis plus d'un siècle, les vignerons expérimentent l'inoculation volontaire des vignes avec B. cinerea.

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    http://mycoweb.narod.ru/fungi/Botrytis_cinerea.htmlhttp://mycoweb.narod.ru/fungi/Botrytis_cinerea.html


    Chaetomium


    | nom commun = Moisissure vert-olive | classe = Ascomycetes | ordre = Sphaeriales | famille = Chaetomiceae | couleur = vert foncé à vert olive | toxicité = non | habitat = fumier frais, débris divers

    Description

    Aspect macroscopique : Mycélium discret au début, grisâtre et, pour certaines espèce, blanchâtre, dense et aérien (comme pour "Chaetomium blanc"). Certaines formes deviennent marron léger, jaunâtre ou avec des nuances orangeâtres quand elles sont bien développées. A maturité, ces moisissures deviennent vert foncées à vert-olive, et forment des bavures éparpillées, qui sont en fait les périthèces qui contiennent les spores.

    Caractéristiques microscopiques : Le mycélium forme une enveloppe aux parois fines (un perithecium) à partir duquel s'étendent des cheveux sans embranchement. Une fente dans le perithecium expose les poches (asci) contenant les spores, qui sont alors libérés dans l'air. Les spores sont unicellulaires, foncés et peuvent être ovoïdes, en forme de citron ou d'ellipse.

    Habitat

    Commun su fumiers frais, particulièrement sur compost pasteurisé en condition anaérobie; déchets, paille, sols, débris de plantes, papiers, tissus. Chaetomium contamine rarement le grain et est peu fréquent sur agar. Une espèce blanche apparaît sur casing.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : Air; sols; compost; grain.

    Mesures de contrôle : Pratiques d'hygiène générale, pasteurisation en condition aérobies.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Sécrète un composé, la "chaetomine", qui est toxique pour les bactéries gram-positives, les champignons et autres fungus.

    Commentaires

    Chaetomium inhibe la croissance du mycélium par les toxines qu'il produit et concurrence le mycélium du champignon pour la recherche de nutriments. Les spores de Chaetomium sont détruits à 60° C pendant 6-16h ou à 55° C pendant 24-48h. Chaetomium globosum l’espèce la plus commune de ce genre, attaque la paille, le compost et le papier en formant de petites colonies. C. globosum ​contamine parfois l'agar et la culture sur grain, et comme C. olivaceum, il est courant sur le compost frais. Les Chaetomium blancs grandissent sur le casing en formant une épaisse moisissure blanchâtre. En général les Chaetomium sont vert olive alors que les Pénicillium et Trichoderma sont bleu-vert ou vert sylvestre.

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    Chrysosporium

    | nom commun = La maladie du paillasson jaune; moisissure jaune, la maladie confetti | classe = Fungi imperfecti | ordre = Moniliales | famille = Aleuriosporae | couleur = blanchâtre puis jaunâtre | toxicité = oui | habitat = composts, sols

    Description

    Aspect macroscopique : Blanchâtre au début, bientôt jaunâtre vers le centre voire en général, formant une couche bouchon entre le compost infecté et la surface du casing, empêchant la fructification.

    Caractéristiques microscopiques : Conidiophores peu développés, relativement indifférenciés, à embranchements irréguliers, orientés verticalement, ressemblant pour la plupart, et y étant associé, au mycélium végétatif. Les spores (conidies) clairs, unicellulaires et souvent ornementés se développent aux terminaisons, soit en chaînes courtes ou singulièrement, mesurant 3-5 x 4-7 microns.

    Habitat

    Saprophyte, moisissure commune des sols, endémique sur les composts préparés en contact direct avec le sol. Même si Chrysosporium habite naturellement dans les fumiers et lisiers pastoraux, il est aujourd’hui rarement vu sur les composts entrant dans la production de champignons avec les techniques de compostage modernes.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : Air; sols; fumiers.

    Mesures de contrôle : Utilisation de surfaces en béton pour le compostage; isolation du compost des zones où des sols non-traités et du fumier sont entreposés. Si Chrysosporium apparaît avant ou au moment du casing, du sel ou un tampon alcalin peut être appliqué pour limiter l'infection.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Ce genre abrite peu d'espèces pathogènes. Une espèce, Chrysosporium dermatidis, cause une maladie de peau chez les humains.

    Galerie

    http://www.eol.org/pages/16301


    Cladosporium


    | nom commun = moisissure vert foncé | classe = Fungi imperfecti | ordre = Moniliales | famille = Dematicaeae | couleur = vert foncé puis noir | toxicité = oui | habitat = grain, débris végétaux, papier

    Description

    Aspect macroscopique : Les espèces de Cladosporium sont souvent vert foncé, devenant noirâtre avec l'âge et ressemblent aux moisissures poudreuses de type Pénicillium.

    Caractéristiques microscopiques : Les conidies et les conidiophores sont cloisonnés, aux pigments sombres. Les conidiophores sont orientés verticalement, grands, divergents, fourchés se terminant en apex dont émergent les conidies en chaîne. Les conidies ont 1 ou 2 cellules et se développent à partir des extrémités gonflées des conidiophores. Elles sont de taille variable, de forme ovale, cylindrique, en citron ou irrégulière et peuvent avoir une marque à l'endroit où elles étaient attachées.

    Habitat

    Les Cladosporium sont les plus fréquents des contaminants de l'air. Ces espèces peuvent être à la fois saprophytes et parasites, au moins 3 d'entre elles infectent le grain bien qu'elles soient moins courantes que Aspergilli et Penicillia. La plupart des espèces poussent mal sur malt agar, mais décomposent le papier (souvent les très vieux livres) et les débris végétaux voire les végétaux eux-mêmes.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : Air.

    Mesures de contrôle : Bon contrôle hygiénique, suppression des substrats porteurs, et filtration de l'air avec micro-filtres.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Certaines espèces sont toxiques. Cladosporium carrionii peut provoquer une sérieuse infection de la peau.

    Galerie

    http://fr.wikipedia.org/wiki/Cladosporium

    Coprinus

    | nom commun = Coprin | classe = Basidiomycètes | ordre = Agaricales | famille = Coprinaceae | couleur = blanc | toxicité = oui | habitat = compost, paille

    Description

    Aspect macroscopique : ​ Apparaît sous forme d'un mycélium blanc grandissant rapidement, fin et sans rhizomorphes, se nouant en petits primordias ovoïdes qui grossissent vite et deviennent des champignons blancs à longue tige et chapeau oblong. Dès que les spores sont mures le chapeau se liquéfie en une sorte d'encre noire.

    Caractéristiques microscopiques : Les spores lisses et elliptiques sont produites par des cellules en forme de massue appelées basides. Les hyphes ont souvent des pinces pour s'accrocher aux cellules adjacentes.

    Habitat

    Fréquent à courant sur le compost et la paille en décomposition.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : Principalement l'air mais aussi par les matériaux servants à préparer le compost.

    Mesures de contrôle : Bon contrôle hygiénique, en particulier une longue pasteurisation; réduction de l'ammoniaque et de l'eau dans le compost fini; et consistance homogène de la structure du compost (éviter les zones denses compactées).

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Les Coprins sont connus pour être à la fois toxiques et comestibles. Le coprin chevelu, Coprinus comatus, est une espèce comestible populaire et cultivée. Coprinus atrementarius provoque nausées et autres symptômes déplaisants si on le mélange à de l'alcool.

    Galerie

    http://environnement.ecole.free.fr/coprins-.htmhttp://www.mushroomexpert.com/coprinopsis_atramentaria.html


    Cryptococcus



    | nom commun = Levure jaune-brun, Levure cancérigène | classe = Fungi imperfecti | ordre = Cryptococcales | famille = Cryptococcaceae | couleur = crème à brun | toxicité = oui | habitat = débris végétaux, sols, grains et déjection de volatiles

    Description

    Aspect macroscopique : ​Levure sphérique qui ne forme pas de pseudo-mycélium, encapsulée dans un mucus couleur crème à brun.

    Caractéristiques microscopiques : Les spores ont une taille variable; 4-20 microns de diamètre. Elles sont ovoïdes et se reproduisent par simple éclosion, sans formation d'un vrai mycélium et sans structure spécialisée dans la formation de spores. Chez certaines espèces les spores sont entourées d'un "sac". Les Cryptococcus sont gram-positives.

    Habitat

    Très fréquentes, les espèces de Cryptococcus sont saprophytes sur les débris végétaux, les sols, les grains de céréale et les déjections d'oiseaux (pigeon et poulet).

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : Air et crottes d'oiseaux.

    Mesures de contrôle : Bon contrôle hygiénique, élimination des poches d'humidité, élimination des substrats porteurs et filtration de l'air par micro-filtre.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Cryptococcus neoformans
    provoque une maladie mortelle chez l'Homme et les animaux appelée cryptococcosis (ou méningite de Torula, méningite de levure). Cette levure attaque le système nerveux, les symptômes sont raideurs du cou et maux de tête puis s'aggravent en cécité partielle, paralysie, coma et défaillance respiratoire. On pense que les spores sont inhalées, et entrent dans corps par les poumons.

    Galerie

    http://phil.cdc.gov/phil/home.asp


    Dactylium


    | nom commun = Cobweb, Mildiou doux | classe = Fungi imperfecti | ordre = Moniliales | famille = Moniliaceae | couleur = gris, blanc, violet | toxicité = non | habitat = casing, champignon (fruit)

    Description

    Aspect macroscopique : Le Dactylium à l'apparence d'une toile d'araignée, apparaissant d'abord en petite tâches dispersées qui envahissent rapidement la surface du casing, puis étouffant tous les champignons sur son passage. Les champignons infectés sont couverts d'un duvet moelleux de mycélium délicat. La moisissure est grise ou blanche au départ puis peut tourner au violet. Lorsqu'on ouvre les champignons infectés, la chair est pourrie, et les jeunes boutons sont réduits en masses difformes de tissu mou.

    Caractéristiques microscopiques : Les spores sont pluricellulaires, trois cellules ou plus sont connectées en général. Les conidies peuvent survenir isolément ou en cluster, placées à l'extrémité des branches qui, souvent, fourchent comme les Verticillium. Les spores sont de couleur claire ou légèrement jaune et mesurent 20 x 5 microns.

    Habitat

    Commune dans le casing et parasite les champignons en fruitaison.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : Air, casing, eau et insectes.

    Mesures de contrôle : Isolement immédiat des champignons parasités, baisse de l'hygrométrie et/ou augmenter la circulation d'air, examen minutieux des casing. En général une bonne pasteurisation prévient son apparition, les spores sont détruites à 46-50°C pendant 1/2h. La croissance du Cobweb peut être arrêtée en la recouvrant de sel, de soude ou d'une autre substance alcaline. Le peroxyde d'hydrogène dilué serait un bon candidat aussi.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales
    Aucune connue.

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    Doratomyces (Stysanus)

    | nom commun = Moisissure moustache noire, moisissure gris fumé | classe = Fungi imperfecti | ordre = Moniliales | famille = Stilbellaceae | couleur = gris, noir | toxicité = oui | habitat = Paille, copeaux de bois, grain, casing, agar

    Description

    Aspect macroscopique : C'est une moisissure grise à noire avec une sporulation importante, s’imprégnant dans le compost et relachant des nuages de spores grises. Les zones contaminées du compost sont plus sombres et semblent plus humides que les zones saines. Son nom commun, la moisissure moustache noire, décrit bien son aspect macroscopique.

    Caractéristiques microscopiques : Les hyphes, les conidiophores et les conidies sont de couleur sombre. Les conidiophores sont simples ou alignés en assemblages verticaux compacts d'hyphes qui divergent près des apex en courtes chaines de spores sèches, ovoïdes et unicellulaires; un peu comme le Pénicillium.

    Habitat

    Saprophyte, occasionnel à fréquent sur la paille du compost mal pasteurisé, sur copeaux de bois, contaminant parfois le grain mais rarement le casing ou l'agar. Dans la nature c'est un constituant majeur de la microflore du sol.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : Air, compost usagé, débris.

    Mesures de contrôle : Filtration de l'air, préparation et pasteurisation correcte du compost, règles d''hygiène strictes. Si une chambre de culture a été contaminée, un nettoyage à fond s'impose, en particulier tout ce qui a été en contact avec.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Certaines espèces sont toxiques. Les Doratomyces provoquent une réaction asthmatique (toux, maux de gorge, saignement du nez) chez ceux qui sont exposés à une concentration importante.

    Galerie



    Epicoccum

    | nom commun = Moisissure jaune | classe = Fungi imperfecti | ordre = Moniliales | famille = Tuberculariaceae | couleur = orange jaune vif à orange rosé | toxicité = non | habitat = Grain

    Description

    Aspect macroscopique : Les espèces de ce genre ont différentes couleurs. En culture sur grain l'Epicoccum se distingue par sa couleur orange jaune vif à orange rosé et par un fluide jaunâtre qui s'écoule. Le mycélium est caractérisé par des zones denses où sont formées les spores de couleur noire. Sur agar l'Epicoccum est blanc et grandit lentement. Dans la nature on le trouve sur les feuilles et les brindilles, formant de petites colonies noires.

    Caractéristiques microscopiques : Les conidiophores sont compact, courts et rayonnent depuis des cellules en forme de coussin appelées "sporodochia". Des spores y sont associées ou s'en échappent, elles sont sombres, rondes et unicellulaires. Les conidies sont généralement réticulées ou ornées d'une sorte d'épine. Ces spores réticulées sont composées de plusieurs cellules étroitement interconnectées.

    Habitat

    Contaminant occasionnellement le grain. Certaines espèces décomposent le bois, les feuilles et les branches des plantes, jouant un rôle important dans les sols.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : Air, terre et grain.

    Mesures de contrôle : Isoler les cultures contaminées, dépister le grain utilisé pour inoculer et s'assurer d'une pénétration suffisante de la vapeur dans le grain lors de la stérilisation.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Aucune connue.

    Commentaires

    N'est pas très concurrent du mycélium de champignon. Sur grain, la fruitaison est possible si la contamination est partielle.

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    Fusarium


    | nom commun = Conta aux couleurs vives, maladie d'humidité, moisissure de pluie jaune | classe = Fungi imperfecti | ordre = Moniliales | famille = Tuberculariaceae | couleur = vive variable (rose, violet, jaune...) | toxicité = oui | habitat = Grain, agar

    Description

    Aspect macroscopique : Le mycélium volumineux grossit grandit rapidement, il est blanc et cotonneux; il peut rester blanc ou, dans la plupart des cas prendre une couleur vive. Les espèces de Fusarium les plus courantes sur grain sont roses, violettes ou jaunes.

    Caractéristiques microscopiques : Les conidies ont souvent une forme de faucille, sont multicellulaires et segmentées: et se développent à partir de conidiophores courts, simples et irrégulièrement ramifiés qui émergent d'un tapis de mycélium cotonneux. Les conidies ont une forme de canoë, de croissant ou de faucille avec l'extrémité basale encochée ou nichée. Il y a aussi des micro-conidies unicellulaires en forme de poire.

    Habitat

    Commun lors de l'incubation, et en culture sur agar. Contamine naturellement les grains de seigle, blé, orge et riz. Le Fusaria se rencontre aussi dans les sols, sur les plantes vivantes et pourrissantes et sur le papier et le textile en décomposition.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : Air, casing et grain.

    Mesures de contrôle : Bonne stérilisation du grain; isolation et élimination correcte des cultures contaminées. De bonnes mesures d’hygiène et une filtration de l'air sont une bonne prévention. Augmenter la ventilation et donc baisser l'humidité entrave la prolifération de ce contaminant potentiellement dangereux.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Certaines espèces sont très toxiques. Même une contamination modérée de ce contaminant inhibe la croissance des champignons. Les champignons infectés grossissent peu, leur chapeau semble anormalement petit et disproportionné; l'intérieur des tiges est marron.
    Bien que moins fréquent que le Pénicillium ou le Trichoderma, le Fusarium peut causer de gros soucis, il se propage par le grain. 5 Fusaria ont été identifié dans des jarres d'incubation ( Pepper & Keisling, 1963):
    • F. lateritium, une espèce rose
    • F. avenaceum, une espèce rougeâtre
    • F. culmorum, une espèce rouge-jaune vif
    • F. poae, une espèce violette
    • F. oxysporum, une espèce violet-rouge
    • F. sp, une espèce blanche à croissance rapide

    Les Fusaria peuvent provoquer de sérieuses mycoses et ces moisissures doivent être traitées avec précaution. Le grain contaminée doit être stérilisé avant manipulation.

    Galerie

    http://www.bioimages.org.uk/html/p3/p35744.php http://phil.cdc.gov/phil/home.asp


    Geotrichum


    | nom commun = Moisissure rouge à lèvres | classe = Fungi imperfecti | ordre = Moniliales | famille = Moniliaceae | couleur = rose à rouge | toxicité = oui | habitat = Sol, compost, paille

    Description


    Aspect macroscopique : Le mycélium blanc a d'abord une apparence gelée puis forme de boules blanchâtres de mycélium. Avec l'âge, le mycélium devient rosâtre puis rougeâtre à cause de la maturation des spores. Les colonies plus anciennes deviennent orange terne.

    Caractéristiques microscopiques : Hyphes cloisonnés, formants de vastes chaines aléatoires de cellules à partir desquelles se segmentent des spores cylindriques mesurant 5-10 x 3-6 microns. Les conidiophores sont simples et souvent impossible à distinguer du réseau de mycélium.

    Habitat

    Généralement saprophyte bien que certaines espèces soient parasites. Les Geotrichum sont très courants dans la nature mais peu fréquents sur le compost de champignon à moins qu'il soit préparé sur la terre. Il adore les sols, la bouse de vache, la vieille paille, les tas de compost et les pourritures de fruits et légumes. Les espèces de ce genre sont sensibles aux températures de pasteurisation. Il a virtuellement disparu des cultures de champignons modernes.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : Air, sol, compost et paille usagés.

    Mesures de contrôle : Compostage sur béton, bitume; une bonne pasteurisation et des outils stériles pour le casing.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales

    Quelques espèces sont toxiques comme Geotrichum candidum qui provoque la geotrichosis une maladie qui touche la gorge, les bronches, les poumons et/ou les intestins chez les humains et d'autres mammifères.

    Galerie

    http://www.ipmimages.org/browse/detail.cfm?imgnum=1492162


    Humicola


    | nom commun = Moisissure grise | classe = Fungi imperfecti | ordre = Moniliales | famille = Aleuriosporae | couleur = rose à rouge | toxicité = oui | habitat = Sol, compost, paille

    Description


    Aspect macroscopique :

    Caractéristiques microscopiques :

    Habitat

    Un contaminant rare des cultures stériles. Les espèces thermophiles sont fréquentes en seconde phase de compostage, elles prospèrent à 45-50°C. Se rencontre naturellement dans le grain, la paille, le bois, le sol et autres matières organiques riches en cellulose.

    Vecteurs de contamination et mesures de contrôle

    Vecteurs : Air, sol et grain.

    Mesures de contrôle : Bonne stérilisation et incubation à température modérée.

    Histoire, utilisation et conséquences médicales



    Galerie

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